Ein wichtiger Bestandteil des Prozesses sind die Beratungsergebnisse der sechs PuK-Arbeitsgruppen. Sie hatten die Funktion von „Denkfabriken”, in denen ausgewählte strategische Themen kreativ und ohne Denkverbote durchdacht werden können. Die Arbeitsgruppen waren mit haupt- und ehrenamtlichen Mitarbeitenden sowie Menschen besetzt, die sich aus der Außenperspektive für kirchliche Fragestellungen interessieren. Dies hat es ermöglicht, die Diskussion aus verschiedenen Blickwinkeln zu bereichern. Eine Begrenzung auf maximal zehn bis zwölf Mitwirkende war erforderlich, um die regelmäßig tagenden Arbeitsgruppen arbeitsfähig zu halten. Es war jedoch ausdrücklich erwünscht, zu besonderen Fragestellungen weitere Fachleute und Impulsgeber zum gemeinsamen Austausch einzuladen, wovon die Arbeitsgruppen gerne Gebrauch gemacht haben. Für die vielen Rückmeldungen aus der Beteiligung der kirchlichen Öffentlichkeit nahmen die Arbeitsgruppen eine „Briefkastenfunktion” wahr. Sie waren damit auch Ansprechpartner für themenbezogene Anregungen. Für ihr jeweiliges Arbeitspaket haben die PuK-AGs bis im September 2018 Abschlussberichte und Handlungsempfehlungen vorgelegt. Diese sind Gegenstand für die weiteren Beratungen der kirchenleitenden Organe. Die Begleitgruppe hat zur Frühjahrssynode 2019 einen Gesamtbericht erstellt, in dem neben den Abschlussberichten der PuK-AGs auch die vielen Rückmeldungen aus den Beteiligungsformaten und die Ergebnisse der Konsultationen Berücksichtigung gefunden haben.